黃芩瀉中上焦實火，因胃火上壅而致的咽痛、牙痛、口腔潰瘍、扁桃體腫痛、膈間悶熱、大便干結、肺熱咳嗽等癥，可用本品清熱瀉火，常與生地黃、玄參、連翹、黃連、生大黃等同用。兼有外感表證的，可加荊芥、薄荷；咳嗽較重的，可加桔梗、瓜蔞、杏仁、枇杷葉等。
黃芩還能清熱燥濕，可以廣泛應用于各種濕熱病證。例如：濕溫、黃疸、痢疾、熱淋等。治療痢疾時，常用黃芩和白芍配伍，黃芩味苦，白芍味酸，酸苦涌泄為陰，痢疾時需要讓濕熱濁氣盡快涌泄出去，用黃芩和白芍不僅能起到酸苦涌泄為陰的作用，白芍為酸性，酸性收斂，把好的東西收住，配合黃芩清熱燥濕，把濕熱的病因清除。對中焦?jié)駸嵊粽舳碌狞S疸（陽黃），也常用本品與黃柏、梔子、茵陳、豬苓、澤瀉、車前子等同用。
黃芩善于瀉火解毒，心肺在人體中的位置最高，陽氣最多，容易積累邪熱，火性炎上，內火常往心肺走，所以最容易生熱，黃芩入心肺，能清熱。黃芩既能清熱瀉火，也能清熱解毒；作為清熱瀉火藥，黃芩歸心肺經，尤其擅長清肺熱，對于肺熱咳嗽，用黃芩一味藥就是清金散。但是要注意，肺里有實熱才能用它來清，如果是肺受外感之邪，應該通過解表的方式，打開毛孔腠理，通過出汗的方式把熱往外宣散。
黃芩清少陽邪熱，病邪居于少陽而出現(xiàn)寒熱往來、口苦咽干、胸脅苦滿、食欲不振、惡心欲嘔等癥，可以黃芩配柴胡、半夏、生姜、甘草、黨參等（如小柴胡湯）。
黃芩止血，準確的說應該是涼血止血，因為黃芩可以清熱，所以黃芩主要用于熱邪侵擾，迫血妄行的出血，例如肺熱導致的咳血。黃芩的安胎作用也是一樣，主要針對熱邪壅盛導致的胎動不安，而肝腎虧虛，不能充養(yǎng)胎元的情況，是不能用黃芩的。常用的組合就是黃芩合白術安胎。婦女妊娠，因胎熱不安而出現(xiàn)惡心嘔吐、心中煩熱、口中吐水、腹部不適、饑不欲食等癥，可以黃芩配竹茹、橘皮、生姜、黃連、紫蘇梗、茯苓等。因為黃芩以走上焦為主，不會去下焦傷胎，比較平和，配合白術健脾、安胎，治療胎熱造成的胎動不安效果很好，
黃芩酒炒偏用于瀉肺火，治上焦?jié)駸幔稽S芩炭可用于各種熱性出血。
據現(xiàn)代研究報道，黃芩有退熱及利尿作用，可降低血壓，對痢疾桿菌、傷寒桿菌、大腸埃希菌、百日咳桿菌、葡萄球菌、溶血性鏈球菌、肺炎球菌等皆有抗菌作用，對流感病毒有一定的抑制作用。用量一般為3-9g。
